Структуру органов местного самоуправления Чернушинского городского округа составляют:
глава городского округа – глава администрации Чернушинского городского округа;
администрация Чернушинского городского округа;
Дума Чернушинского городского округа;
Контрольно-счётная палата Чернушинского городского округа.
Для реализации своих полномочий органы местного самоуправления могут образовывать коллегиальные органы (комиссии, советы и другие), положения о которых утверждаются соответствующими органами местного самоуправления.
Изменение структуры органов местного самоуправления осуществляется не иначе как путём внесения изменений в действующий Устав Чернушинского городского округа.

К полномочиям органов местного самоуправления Чернушинского городского округа относятся:
принятие устава Чернушинского городского округа и внесение в него изменений и дополнений, издание муниципальных правовых актов;
установление официальных символов муниципального образования;
создание муниципальных предприятий и учреждений, осуществление финансового обеспечения деятельности муниципальных казенных учреждений и финансового обеспечения выполнения муниципального задания бюджетными и автономными муниципальными учреждениями, а также осуществление закупок товаров, работ, услуг для обеспечения муниципальных нужд;
установление тарифов на услуги, предоставляемые муниципальными предприятиями и учреждениями, и работы, выполняемые муниципальными предприятиями и учреждениями, если иное не предусмотрено федеральными законами;
полномочия по организации теплоснабжения, предусмотренные Федеральным законом «О теплоснабжении»;
полномочия в сфере водоснабжения и водоотведения, предусмотренные Федеральным законом «О водоснабжении и водоотведении»;
полномочия в сфере стратегического планирования, предусмотренные Федеральным законом Российской Федерации от 28.06.2014 № 172-ФЗ «О стратегическом планировании в Российской Федерации»;
организационное и материально-техническое обеспечение подготовки и проведения муниципальных выборов, местного референдума, голосования по отзыву депутата, члена выборного органа местного самоуправления, выборного должностного лица местного самоуправления, голосования по вопросам изменения границ муниципального образования, преобразования муниципального образования;
организация сбора статистических показателей, характеризующих состояние экономики и социальной сферы муниципального образования, и предоставление указанных данных органам государственной власти в порядке, установленном Правительством Российской Федерации;
разработка и утверждение программ комплексного развития систем коммунальной инфраструктуры, программ комплексного развития транспортной инфраструктуры, программ комплексного развития социальной инфраструктуры муниципального образования, требования к которым устанавливаются Правительством Российской Федерации;
учреждение печатного средства массовой информации для опубликования муниципальных правовых актов, обсуждения проектов муниципальных правовых актов по вопросам местного значения, доведения до сведения жителей муниципального образования официальной информации о социально-экономическом и культурном развитии муниципального образования, о развитии его общественной инфраструктуры и иной официальной информации;
осуществление международных и внешнеэкономических связей в соответствии с федеральными законами;
организация профессионального образования и дополнительного профессионального образования выборных должностных лиц местного самоуправления, членов выборных органов местного самоуправления, депутатов представительного органа муниципального образования, муниципальных служащих и работников муниципальных учреждений, организация подготовки кадров для муниципальной службы в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации об образовании и законодательством Российской Федерации о муниципальной службе;
утверждение и реализация муниципальных программ в области энергосбережения и повышения энергетической эффективности, организация проведения энергетического обследования многоквартирных домов, помещения в которых составляют муниципальный жилищный фонд в границах муниципального образования, организация и проведение иных мероприятий, предусмотренных законодательством об энергосбережении и о повышении энергетической эффективности;
иные полномочия в соответствии с Федеральным законом Российской Федерации от 06.10.2003 № 131-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» и действующим Уставом Чернушинского городского округа.